生物信息学与整合基因组学课题组

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              生 物 信 息 学 与 整 合 基 因 组 学 课 题 组 生 物 信 息 学 与 整 合 基 因 组 学 课 题 组 首 页 最 新 动 态 团 队 成 员 研 究 方 向 研 究 成 果 软 件 资 源 课 题 组 最 新 成 果 发 表 在 国 际 期 刊 《 B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s 》 上 p y f a s t x : 用 于 F A S T A / F A S T Q 序 列 文 件 处 理 的 P y t h o n 包 P r e v i o u s N e x t 关 于 我 们 随 着 高 通 量 测 序 技 术 的 飞 速 发 展 ， 雪 崩 式 的 基 因 组 学 大 数 据 正 向 我 们 奔 袭 而 来 ， 如 何 从 这 些 海 量 数 据 中 挖 掘 生 物 学 知 识 ， 已 成 为 生 物 信 息 学 亟 需 解 决 的 核 心 问 题 。 
 课 题 组 以 高 通 量 测 序 数 据 为 基 础 ， 运 用 生 物 信 息 学 和 分 子 生 物 学 技 术 ， 解 密 基 因 信 息 ， 识 别 基 因 组 暗 物 质 ， 并 探 索 基 因 表 达 调 控 机 制 。 
 了 解 更 多 研 究 方 向 课 题 组 利 用 二 代 和 三 代 高 通 量 测 序 技 术 ， 组 装 完 整 的 动 植 物 基 因 组 ， 注 释 完 整 基 因 信 息 ， 绘 制 基 因 表 达 谱 ； 识 别 基 因 组 中 非 编 码 R N A ， 可 翻 译 的 非 编 码 R N A ， 并 探 索 这 些 基 因 组 暗 物 质 对 基 因 表 达 调 控 的 机 理 ； 整 合 多 组 学 测 序 数 据 ， 构 建 生 物 信 息 学 数 据 库 ， 开 发 高 通 量 测 序 数 据 处 理 流 程 及 分 析 软 件 。 
 了 解 更 多 组 学 技 术 课 题 组 使 用 二 代 和 三 代 测 序 技 术 结 合 多 组 学 分 析 技 术 解 密 基 因 组 信 息 基 因 组 从 头 拼 接 组 装 基 因 组 ， 识 别 基 因 变 异 位 点 ， 全 基 因 组 关 联 分 析 转 录 组 绘 制 基 因 表 达 谱 ， 鉴 定 差 异 表 达 基 因 和 选 择 性 剪 接 事 件 甲 基 化 组 评 估 全 基 因 组 甲 基 化 水 平 ， 鉴 定 差 异 甲 基 化 区 域 翻 译 组 了 解 蛋 白 质 表 达 情 况 及 丰 度 ， 识 别 可 翻 译 的 非 编 码 R N A 最 新 成 果 L i a n m i n g D u * , J i a h a o C h e n , D a l i n S u n , K e l e i Z h a o , Q i a n g l i n Z e n g , N a n Y a n g * . K r a i t 2 : a v e r s a t i l e s o f t w a r e f o r m i c r o s a t e l l i t e i n v e s t i g a t i o n , v i s u a l i z a t i o n a n d m a r k e r d e v e l o p m e n t . B M C G e n o m i c s , 2 0 2 5 , 2 6 : 7 2 . P e i C h e n , J i a n g y u e Q i n , H e l e n e K . S u , L i a n m i n g D u * , Q i a n g l i n Z e n g * . H a r m i n e a c t s a s a q u o r u m s e n s i n g i n h i b i t o r d e c r e a s i n g t h e v i r u l e n c e a n d a n t i b i o t i c r e s i s t a n c e o f P s e u d o m o n a s a e r u g i n o s a . B M C I n f e c t i o u s D i s e a s e s , 2 0 2 4 , 2 4 ( 1 ) : 7 6 1 . L i a n m i n g D u , C h a o y u e G e n g , Q i a n g l i n Z e n g , T i n g H u a n g , J i e T a n g , Y i w e n C h u , K e l e i Z h a o . D o c k e y : a m o d e r n i n t e g r a t e d t o o l f o r l a r g e s c a l e m o l e c u l a r d o c k i n g a n d v i r t u a l s c r e e n i n g . B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 2 3 , 2 4 ( 2 ) : b b a d 0 4 7 . L i a n m i n g D u , Q i n L i u , Z h e n x i n F a n , J i e T a n g , X i u y u e Z h a n g , M e g a n P r i c e , B i s o n g Y u e , K e l e i Z h a o . P y f a s t x : a r o b u s t P y t h o n p a c k a g e f o r f a s t r a n d o m a c c e s s t o s e q u e n c e s f r o m p l a i n a n d g z i p p e d F A S T A / Q f i l e s . B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 2 1 , 2 2 ( 4 ) : b b a a 3 6 8 . L i a n m i n g D u , Q i n L i u , K e l e i Z h a o , J i e T a n g , X i u y u e Z h a n g , B i s o n g Y u e , Z h e n x i n F a n . P S M D : A n e x t e n s i v e d a t a b a s e f o r p a n s p e c i e s m i c r o s a t e l l i t e i n v e s t i g a t i o n a n d m a r k e r d e v e l o p m e n t . M o l e c u l a r E c o l o g y R e s o u r c e s , 2 0 2 0 , 2 0 ( 1 ) : 2 8 3 2 9 1 . 最 新 消 息 课 题 组 最 新 成 果 发 表 于 《 B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s 》 分 子 对 接 软 件 D o c k e y 正 式 发 布 p y f a s t x : 从 F A S T A / Q 文 件 中 随 机 读 取 序 列 的 P y t h o n 包 关 于 我 们 联 系 我 们 加 入 我 们 中 文 英 文 © 2 0 2 5 R e s e a r c h G r o u p f o r B i o i n f o r m a t i c s a n d I n t e g r a t i v e G e n o m i c s I n s t i t u t e f o r A d v a n c e d S t u d y , C h e n g d u U n i v e r s i t y , C h e n g d u 6 1 0 1 0 6 , C h i n a P o w e r e d b y D j a n g o , R e n d e r e d b y J i n j a 2 , T h e m e b y B o o t s t r a p , P h o t o s f r o m F r e e p i k a n d P i x a b a y

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